丁肝新一代测序,法国科学家研发,可量化HDV编辑率检测技术
丁肝病毒(HDV),这是一种小且有着缺陷的RNA病毒,需要乙肝病毒(HBV)的包膜蛋白,才可以形成自己的病毒体。法国科学家在科学杂志《Viruses》上介绍,了解体内病毒编辑率的动力学,是解开病毒生物学和了解其传播与自然历史的关键。
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我们开发并验证了,一种基于新一代测序的新检测方法,旨在量化血浆之中的HDVRNA编辑。在本研究中,法国科学家分析了219名感染了不同HDV基因型患者的血浆样本,结果表明,HDV编辑能力在很大程度上,取决于该菌株的基因型。
RNA编辑,负责从病毒RNA复制到病毒粒子包装与分泌的转变。事实上,在早期复制周期阶段,病毒会产生s-HDAg蛋白,这是RNA合成所必需的,因为它能够确保通过组蛋白,模拟在病毒RNA上募集 BAZ2B 相关染色质重塑因子(BRF),这有利于DNA依赖性RNA Pol 2 劫持,并允许 Pol2 RNA 延伸过程发生。
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在后期生命周期阶段,由于在 amber/W 密码子上进行编辑,病毒会产生 L-HDAg,这会抑制RNA合成,并有利于病毒粒子形态发生。丁肝病毒基因组复制,高度依赖于两种形式 HDAg 各自的比例。在体外研究表明,10:1 s-HDAg/L-HDAg 比率下,复制减少了多达8倍。总之,我们发现HDVRNA编辑,是丁肝病毒生命周期中关键步骤,在人类感染的自然史和临床结果中,起着重要作用。
结果表明,这种新型检测技术,可以实现如下目标:尽管HDV基因组有着高度可变性,但其特征在于不同HDV之间的整个基因组序列的核苷酸差异率范围为20%至高达35%基因型;个性化长度为 251nt 的序列,Phred Quality Score > 20%,准确率 99%;正确比对每个共有序列;检查在 amber/W 密码子位置存在哪个核苷酸并表征密码子;
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计算编辑率并提供最终报告。法国科研人员介绍,使用这种定量方法,在感染HDV基因型为1、5、6、7和8的患者中,临床样本的编辑率值介于7%至69%之间。之前,使用HDV-1菌株进行的体外(细胞培养)与体内(血浆)研究发现,编辑率约为40%。
值得注意的是,在本研究的三个样本当中,科研人员反复观察到非常低的编辑率值,介于LLOD (1%) 和 LLOQ (5%) 之间。这些结果表明,只需极少量的 L-HDAg 足以产生病毒粒子。反之,具有高HDV-RNA编辑能力的菌株(如具有69%编辑能力的HDV-5菌株),31%的非编辑RNA编码 s-HDAg 的存在,似乎足以启动和继续基因组复制,并确保丁肝病毒生命周期的后续步骤。
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小番健康结语:医疗新技术开发和转化应用也非常重要,法国科学家最近的研究,提供了一种新的特定工具,专门用来量化体外或体内HDV编辑率,以及对HDV生命周期这一重要步骤的基因型依赖性新见解。法国科研人员认为,该工具在将来的大规模临床研究中有用,以评估编辑率作为自然感染病程和治疗反应的预测标志物作用。研究已于2021年8月9日在线发表在Viruses上。
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